Nazionale:
Più volte titolare anche della Nazionale di calcio italiana, Inzaghi vanta un'ottima media-gol in maglia azzurra.
Esordisce in maglia azzurra l'8 giugno 1997 nell'amichevole Italia-Brasile 3-3, valida per il Torneo di Francia. Finora ha disputato 57 partite in maglia azzurra, segnando 25 gol.
Ha partecipato ai Mondiali di Francia '98, regalando un assist a Roberto Baggio nella partita contro l'Austria (2-1).
Agli Europei 2000 è titolare e segna due reti nella fantastica avventura dell'Italia: rigore decisivo contro la Turchia (2-1) e gol da attaccante puro nei quarti di finale contro la Romania (2-0). Viene escluso a sorpresa dal CT Zoff nella finale contro la Francia, che l'Italia perde in modo beffardo al golden gol (1-2).
Il CT Trapattoni lo ha convocato anche per i Mondiali 2002 in Corea del Sud e Giappone. Per Inzaghi il bottino è di 2 presenze, di cui una da titolare contro il Messico. Il bilancio degli Azzurri è però molto negativo: l'Italia è eliminata agli ottavi di finale in un'incredibile partita contro la Corea del Sud padrona di casa (2-1 al golden gol).
Convocato dal CT Marcello Lippi nella Nazionale partecipante al mondiale di Germania 2006, Superpippo scende in campo in una sola occasione, riuscendo comunque a mettersi in evidenza: il 22 giugno nella partita contro la Repubblica Ceca, finalizzando un veloce contropiede, mette a segno il gol del 2-0 che permette all'Italia di chiudere la partita e ipotecare il passaggio agli ottavi di finale contro l'Australia come prima classificata nel Girone E. Con la Nazionale ha vinto, il 9 luglio 2006, la Coppa del Mondo.
Il 2 giugno 2007 ha segnato una doppietta alle Isole Fær Øer, raggiungendo quota 25 reti: ora lo precedono solo Luigi Riva (35), Giuseppe Meazza (33), Silvio Piola (30), Roberto Baggio (27) e Alessandro Del Piero (27). Di questi solo Del Piero è ancora in attività, per cui Inzaghi è il secondo miglior marcatore in attività della Nazionale.