1991-1995: Gli esordi nel calcio professionistico
Cresciuto nelle giovanili del Piacenza (che nella stagione 1991/1992 lo fece esordire in Serie B con due presenze senza reti), nell'estate del 1992 fu ceduto in prestito al Leffe, con cui disputò 21 partite, condite da 13 reti, in Serie C1. L'anno seguente militò in Serie B con l'Hellas Verona (36 partite e 13 centri), dove i tifosi lo ribattezzano Superpippo Inzaghi, e a fine stagione viene riscattato dal Piacenza. Con i piacentini Inzaghi disputò 37 partite e mise a segno 15 gol, che consentirono al club di passare nella massima categoria.

All'apertura del mercato di riparazione, a novembre, il Napoli con una fulminea offerta lo acquistò in prestito con diritto di riscatto, ma per vari motivi (tra cui alcune dichiarazioni dell'allenatore partenopeo Boškov poco lusinghiere nei confronti dello stesso giocatore) la ratificazione dell'accordo slittò di qualche giorno, giusto in tempo per consentire a Inzaghi di giocare la gara di ritorno di Coppa delle Coppe contro l'Halmstad (l'andata finì 3-0 per gli svedesi), in una sorta di partita d'addio alla squadra gialloblù. In quella gara, Inzaghi segnò dopo un solo minuto e disputò una grande partita che il Parma vinse per 4-0 e riuscì a passare il turno in Coppa. Quella sera Inzaghi divenne un idolo dei tifosi del Parma, che non smettevano di gridare dagli spalti l'improvvisato coro "Resta con noi Pippo! Resta con noi Pippo!". Il giorno dopo la famiglia Tanzi decise di bloccare il trasferimento dell'attaccante per tenerlo a Parma.

Il 29 ottobre 1995 segnò il suo primo gol in Serie A contro il Piacenza, partita vinta 1-0 e che diede al Parma la vetta della classifica.

Purtroppo, nel suo momento migliore, Inzaghi subì un grave infortunio al piede sinistro. Durante un'amichevole del giovedì contro i dilettanti del Collecchio il piede di Inzaghi andò a sbattere contro il ginocchio di un avversario. La diagnosi parlò chiaro: frattura del quinto metatarso. E Inzaghi dovette trascorrere 60 giorni col piede immobilizzato.

Ovviamente, l'anno successivo ci furono molte offerte per Inzaghi, il quale aveva anche bisogno di giocare per riprendere la piena forma il ritmo partita dopo l'infortunio. Il Parma non poteva garantirgli un posto sicuro da titolare, la scelta di Inzaghi fu quindi, per motivi di fiducia, l'Atalanta. Infatti il presidente Ruggeri era a Verona quando Inzaghi vi giocò e Maurizio Radici, uno degli azionisti dell'Atalanta, era il presidente del Leffe nel periodo in cui vi giocò Inzaghi.

1996-1997: Atalanta
A Bergamo, tra dirigenza e tifosi, Inzaghi trovò l'ambiente ideale per rendere al meglio. In quell'annata, 1996/1997, fu il capocannoniere della Serie A con 24 gol. Fece vedere a tutti le sue grandi doti di attaccante rapido, veloce, opportunista, forte di testa e inimitabile nel giostrare sul filo del fuorigioco pronto a partire verso la porta avversaria non appena un compagno gli serve un pallone filtrante. Fece vedere a tutti anche come si può segnare e si può vincere se si insiste sempre su ogni pallone, mettendo sempre molto cuore e molta passione in ciò che si fa.

Segnò anche alcuni gol su rigore dimostrandosi bravo e freddo anche dal dischetto.

In quella stagione segnò a ben 15 squadre su 18 del campionato di Serie A (si salvarono dai suoi gol solo Parma e Udinese), eguagliando il record di Michel Platini nel campionato 1983/84 (c'è da dire che il campionato 1983/84 fu a 16 squadre, e quindi Platini segno a tutte le squadre avversarie del campionato).
Il 9 marzo 1997, 23a giornata del campionato di Serie A, in Atalanta-Sampdoria 4-0, Inzaghi segnò la sua prima tripletta in Serie A, realizzando ai minuti 18°, 28° (su rigore) e 90°.

1997-2001: Juventus
Viene acquistato dalla Juventus nell'estate 1997 per 20 miliardi di lire. La sua prima stagione in bianconero inizia tra lo scetticismo generale: si dice che lui e Del Piero formino una coppia d'attacco troppo leggera. I due rispondono con i fatti: Inzaghi segna 18 gol in campionato e 6 in Champions League e Del Piero fa ancora meglio di lui. In quella fantastica stagione Inzaghi vince la Supercoppa Italiana (3-0 al Vicenza con una sua doppietta alla prima gara ufficiale in bianconero) e lo Scudetto, al termine di un appassionante duello con l'Inter. Peccato solo per la Champions League: dopo un cammino entusiasmante, la sua Juve perde in finale ad Amsterdam contro il Real Madrid (0-1, rete decisiva di Mijatovic, con Inzaghi che va due volte vicino al gol).

Nel 1998/1999 va tutto storto alla Juventus: Del Piero s'infortuna, i risultati non arrivano, Lippi si dimette a febbraio e lo sostituisce Ancelotti. Inzaghi non fa comunque mancare il suo apporto di gol in tutta la stagione, ma i risultati sono deludenti. In Champions League la Juve è eliminata in semifinale dal Manchester United: Inzaghi aveva realizzato una storica doppietta in dieci minuti, ma gli inglesi furono capaci di rimontare e vincere (2-3). Quell'anno realizza 6 gol nella massima competizione europea, fra cui una spettacolare rovesciata al Galatasaray. In campionato la Juve finisce addirittura fuori dalla Champions League e perde l'accesso alla Coppa UEFA nello spareggio con l'Udinese, rimanendo costretta a disputare la Coppa Intertoto.

La stagione 1999/2000 si apre con la vittoria della Coppa Intertoto, segnata dai numerosissimi gol di Inzaghi. La Juventus gioca un ottimo campionato, rimanendo in testa per quasi tutto il torneo. Inzaghi segna 15 gol fino a marzo, poi si ferma, probabilmente perché stanco per aver disputato la Coppa Intertoto in piena estate. Inoltre in quella stagione nascono dei presunti dissapori con Del Piero, che non riesce a segnare su azione dopo il suo ritorno dall'infortunio. All'ultima giornata la Juve perde nel diluvio di Perugia (1-0) e lascia lo scudetto alla Lazio.

Nel 2000/2001 Inzaghi non fa mancare i suoi gol in Serie A e in Champions League, ma anche quest'anno i risultati ottenuti dall'allenatore Ancelotti non sono soddisfacenti. In Europa la Juve è eliminata nella prima fase, nonostante i 5 gol di Inzaghi (fra cui una bella tripletta all'Amburgo); in Serie A, dopo una bella rimonta, la Juve deve accontentarsi del secondo posto dietro alla Roma.

Al termine della stagione la Juventus lo cede al Milan per 70 miliardi di lire (40 in contanti più Cristian Zenoni), avendo ormai deciso di puntare sul francese Trézéguet nel ruolo di centravanti.

dal 2001: Milan
Nell'estate 2001 passò al Milan.

Con i rossoneri di Carlo Ancelotti Inzaghi disputò una prima stagione di alti e bassi a causa di un grave infortunio occorso a dicembre contro il portiere del Chievo Cristiano Lupatelli: 10 reti in campionato, ma molte delle quali fondamentali per la rincorsa alla qualificazione alla Champions League dell'anno successivo.

Molto meglio andò nel campionato seguente, quando scese in campo 30 volte mettendo la palla in fondo al sacco in 17 occasioni. Determinante inoltre il suo apporto in Champions League, dove con i suoi 12 gol trascinò la squadra fino alla vittoria finale. Un centro per lui anche nella finale di ritorno di Coppa Italia contro la Roma, dove segnò il gol del definitivo 2-2.

Una serie di infortuni alla schiena, al ginocchio, al gomito, ma soprattutto alla caviglia gli preclusero la titolarità nelle due annate successive, in cui si dovette sottoporre a due delicate operazioni chirurgiche e accontentare di disputare in tutto 25 partite con soli 3 gol.

Nella stagione 2005/2006, dopo aver recuperato dagli infortuni patiti, portò a termine un finale di stagione eccezionale, segnando con i rossoneri 12 gol in campionato e 4 in Champions League. Le prestazioni convincenti in Italia e in Europa gli valsero la convocazione da parte di Marcello Lippi nella Nazionale vittoriosa al Mondiale di Germania 2006, dove riuscì ad andare a segno, contro la Repubblica Ceca, pur avendo giocato solo 33 minuti.

Filippo Inzaghi con la maglia del Milan in azione a Siena.Nella stagione 2006/2007 è stato decisivo con il Milan in Champions League, dove ha segnato i gol con i quali la squadra rossonera ha superato il preliminare con la Stella Rossa e soprattutto i due con cui ha vinto la finale di Atene contro il Liverpool, il primo deviando una punizione di Pirlo, il secondo scattando sul filo del fuorigioco su assist di Kaká. Al termine dell'incontro Inzaghi è stato nominato "Man of the match".

Grazie alla vittoria della Champions League 2006/07 i rossoneri il 31 agosto 2007 hanno disputato la Supercoppa Europea contro il Siviglia. La partita è terminta 3-1 per il Milan e il momentaneo pareggio arriva proprio per opera di Superpippo che segna con un colpo di testa su cross di Gattuso.

Dopo la doppietta segnata allo Šakhtar il 6 novembre 2007, Inzaghi ha raggiunto Gerd Müller a quota 62 gol nella classifica dei marcatori nelle competizioni UEFA.Ha superato il tedesco nella successiva partita europea disputata, segnando il suo 63° gol europeo contro il Celtic il 4 dicembre 2007.Inzaghi si rivela decisivo anche nella finale del Mondiale per club, giocata contro il Boca Juniors il 16 dicembre 2007: in questa partita Superpippo realizza due delle quattro reti (entrambe su assist di Kaká) grazie alle quali il Milan si impone sulla formazione argentina con il risultato di 4-2. Con queste due reti Inzaghi raggiunge inoltre un invidiabile record, divenendo infatti l'unico calciatore a essere riuscito a segnare in tutte le competizioni disputate.

Il 24 febbraio 2008 Inzaghi, segnando contro il Palermo la rete del 2-1 finale, ha realizzato il 90° gol con la maglia del Milan, che è diventata così la squadra con cui Inzaghi ha segnato di più, essendosi fermato a 89 reti con la Juventus. Dopo la gara di ritorno di Champions League contro l'Arsenal del 4 marzo 2008, un'ernia inguinale l'ha tenuto fermo per un mese È tornato nuovamente in campo il 5 aprile 2008 realizzando 10 gol in 7 partite: 2 reti contro il Cagliari (3-1), un'altra doppietta a Torino contro la Juventus (3-2 per i bianconeri), un gol contro la Reggina (5-1), una tripletta al Picchi contro il Livorno (4-1), un gol nel derby contro l'Inter (2-1) e un gol contro l'Udinese (4-1). Quest'ultima è stata la sua centesima marcatura con la maglia del Milan.

Con il Milan ha vinto finora due Champions League, una Coppa del Mondo per club, due Supercoppe Europee, uno Scudetto, una Coppa Italia, e una Supercoppa Italiana.